Question

我在this guide之后在Ubuntu上安装了R-devel。在尝试使用install.packages("magrittr")安装magrittr时，我得到了这个：

* installing *source* package ‘magrittr’ ...
** package ‘magrittr’ successfully unpacked and MD5 sums checked
** R
** inst
** byte-compile and prepare package for lazy loading
** help
*** installing help indices
** building package indices
** installing vignettes
** testing if installed package can be loaded
Error in get(name, envir = asNamespace(pkg), inherits = FALSE) : 
  object 'checkCompilerOptions' not found
Calls: ::: -> get
Execution halted
ERROR: loading failed
* removing ‘/usr/local/lib/R/site-library/magrittr’

The downloaded source packages are in
    ‘/tmp/RtmpagwvBj/downloaded_packages’
Warning message:
In install.packages("magrittr") :
  installation of package ‘magrittr’ had non-zero exit status

引用此错误的single other stackoverflow question对我没有帮助。有人可以帮忙吗？

我真正尝试做的是安装Gviz软件包的最新开发版本。为了做到这一点I must use the development version of bioconductor and R。在Gviz的依赖树中，下来是magrittr。

我的sessionInfo（）：

R Under development (unstable) (2016-02-18 r70185)
Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)
Running under: Ubuntu 15.10

locale:
 [1] LC_CTYPE=en_US.UTF-8       LC_NUMERIC=C              
 [3] LC_TIME=nb_NO.UTF-8        LC_COLLATE=en_US.UTF-8    
 [5] LC_MONETARY=nb_NO.UTF-8    LC_MESSAGES=en_US.UTF-8   
 [7] LC_PAPER=nb_NO.UTF-8       LC_NAME=C                 
 [9] LC_ADDRESS=C               LC_TELEPHONE=C            
[11] LC_MEASUREMENT=nb_NO.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C       

attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices datasets  utils     methods   base     

loaded via a namespace (and not attached):
[1] tools_3.3.0 tcltk_3.3.0

Answer 1

我在安装raster包时遇到同样的问题。我发现here问题是您提到的指南的第二个脚本导出的库目录之间存在冲突：

#!/bin/bash
export R_LIBS_SITE=${R_LIBS_SITE-'/usr/lib/R-devel/lib/R/library:/usr/local/lib/R/site-library:/usr/lib/R/site-library::/usr/lib/R/library'}
export PATH="/usr/local/lib/R-devel/bin:$PATH"
R "$@"

所以我删除了与我的R-devel实例无关的库文件夹：

#!/bin/bash
export R_LIBS_SITE=${R_LIBS_SITE-'/usr/lib/R-devel/lib/R/library:/usr/local/lib/R/site-library'}
export PATH="/usr/local/lib/R-devel/bin:$PATH"
R "$@"

它终于奏效了。

Answer 2

我能够安装Gviz！这就是让我在那里的原因：

我尝试使用devtools::install_github("Bioconductor-mirror/Gviz")安装Gviz，而不是使用biocLite("Gviz")。这让我得到checkCompilerOptions错误，但现在使用包matrixStats。
我使用devtools::install_github("HenrikBengtsson/matrixStats")安装了matrixStats。这很有用。
此时我尝试使用install.packages("magrittr")再次安装magrittr。它以某种方式工作！
我现在可以使用devtools::install_github("Bioconductor-mirror/Gviz")

我仍然不知道checkCompilerOptions错误，并会感谢任何想法。

R-devel：安装magrittr时“找不到”对象'checkCompilerOptions'

2 个答案: