我有6个样本的数据集,其中包含大量物种(12k)和一些环境因素(7个因子)。我正在尝试对物种进行PCA排序,然后使用vegan
包将环境因素添加到分析和绘图中。我的工作如下:
>pca.spec <- rda(spec)
>groups <- factor(rownames(spec))
>plot(pca.spec)
>text(pca.spec, labels=groups)
然后
> env_fact <- read.csv("env_fact.csv")
> ef <- envfit(pca.spec, env_fact, permu=999)
> plot(ef)
输出如下:
***VECTORS
PC1 PC2 r2 Pr(>r)
pH -0.55984 -0.82860 0.1914 0.7556
NH4 0.00204 1.00000 0.3108 0.5319
NO2 -0.51192 0.85904 0.5042 0.3000
NO3 -0.86533 0.50121 0.0857 0.9361
Total.inorganic.N -0.18298 0.98312 0.2164 0.6500
X..N.total -0.49702 0.86774 0.2600 0.4806
X..C.total -0.47205 0.88157 0.2618 0.4931
Permutation: free
Number of permutations: 720
***FACTORS:
Centroids:
PC1 PC2
SSPIA0 -2.0704 3.2416
SSPIA1 -1.8165 -4.1363
SSPIA2 -1.0806 -7.0426
SSPIA3 9.2544 0.7544
SSPIA4 -2.1292 3.6535
SSPIA5 -2.1578 3.5293
Goodness of fit:
r2 Pr(>r)
SS 1 1
Permutation: free
Number of permutations: 720
一个带有'Centroids'的图表与样本本身(重复的信息)位于相同的位置,箭头没有它们代表的因子名称,在一个允许识别它们的位置(它们似乎显得太远了从箭头结束)。
如何将名称移近相应的箭头?如何从图中删除“质心”(“因子”)?
我也不确定我是否正确地进行了分析。
非常感谢。