与纯素相关的PCA +环境因子(与envfit)的输出图问题

时间:2015-01-26 22:10:45

标签: r plot pca vegan

我有6个样本的数据集,其中包含大量物种(12k)和一些环境因素(7个因子)。我正在尝试对物种进行PCA排序,然后使用vegan包将环境因素添加到分析和绘图中。我的工作如下:

>pca.spec <- rda(spec) 
>groups <- factor(rownames(spec)) 
>plot(pca.spec) 
>text(pca.spec, labels=groups)

然后

> env_fact <- read.csv("env_fact.csv") 
> ef <- envfit(pca.spec, env_fact, permu=999)
> plot(ef) 

输出如下:

***VECTORS

                       PC1      PC2     r2 Pr(>r)
pH                -0.55984 -0.82860 0.1914 0.7556
NH4                0.00204  1.00000 0.3108 0.5319
NO2               -0.51192  0.85904 0.5042 0.3000
NO3               -0.86533  0.50121 0.0857 0.9361
Total.inorganic.N -0.18298  0.98312 0.2164 0.6500
X..N.total        -0.49702  0.86774 0.2600 0.4806
X..C.total        -0.47205  0.88157 0.2618 0.4931
Permutation: free
Number of permutations: 720

***FACTORS:

Centroids:
           PC1     PC2
SSPIA0 -2.0704  3.2416
SSPIA1 -1.8165 -4.1363
SSPIA2 -1.0806 -7.0426
SSPIA3  9.2544  0.7544
SSPIA4 -2.1292  3.6535
SSPIA5 -2.1578  3.5293

Goodness of fit:
   r2 Pr(>r)
SS  1      1
Permutation: free
Number of permutations: 720

一个带有'Centroids'的图表与样本本身(重复的信息)位于相同的位置,箭头没有它们代表的因子名称,在一个允许识别它们的位置(它们似乎显得太远了从箭头结束)。

enter image description here

如何将名称移近相应的箭头?如何从图中删除“质心”(“因子”)?

我也不确定我是否正确地进行了分析。

非常感谢。

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