R：网站

Question

我最近试图分析我的数据，并希望使图表更好一点，但我没有做到这一点。

所以我有一个包含144个站点和5个环境变量的数据集。它基本上是关于岛屿周围的基质成分和鱼类丰度。在这个岛上，北部和南部之间的基质成分应该存在差异。现在我正在做一个pca，并且使用双标功能它工作得很好，但我想稍微改变一下。

我需要一个站点只是点而没有编号的站点，箭头指向不同的变量，站点根据其位置（北或南侧）着色。所以我尝试了所有我能找到的东西。

大多数使用沙丘数据的例子，并建议如下：

library(vegan)
library(biplot)
data(dune)
mod <- rda(dune, scale = TRUE)
biplot(mod, scaling = 3, type = c("text", "points"))

所以根据这个，我只需要说文字和点，R就会标记变量，只为网站制作点数。当我这样做时，我得到错误：

Error in plot.default(x, type = "n", xlim = xlim, ylim = ylim, col = col[1L],  : 
  formal argument "type" matched by multiple actual arguments

不知道如何解决这个问题。

所以我发现的下一个策略是手动制作一个情节：

require("vegan")
data(dune, dune.env)
mod <- rda(dune, scale = TRUE)
scl <- 3 ## scaling == 3
colvec <- c("red2", "green4", "mediumblue")
plot(mod, type = "n", scaling = scl)
with(dune.env, points(mod, display = "sites", col = colvec[Use],
                      scaling = scl, pch = 21, bg = colvec[Use]))
text(mod,display="species", scaling = scl, cex = 0.8, col = "darkcyan")
with(dune.env, legend("bottomright", legend = levels(Use), bty = "n",
                      col = colvec, pch = 21, pt.bg = colvec))

这项工作也很好，我得到不同的颜色和点，但现在箭头丢失了。所以我发现这应该很容易纠正，如果我只是把"display="bp"“放在文本行中。但这也不起作用。每次我把”bp“R说：

Error in match.arg(display) : 
  argument "display" is missing, with no default

所以我现在有点绝望了。我在这里查看了所有答案，但我不明白为什么display="bp"和type=c("text","points")不适合我。

如果有人有想法我会非常感激。 https://www.dropbox.com/sh/y8xzq0bs6mus727/AADmasrXxUp6JTTHN5Gr9eufa?dl=0 这是我的Dropbox文件夹的链接。它包含我的R脚本和csv文件。名为environmentalvariables_Kon1的名称还包含有关北部和南部的数据。

所以是的......如果有人能帮助我的话。那将是真棒。我真的不知道该怎么办了。

祝你好运， 南西

Answer 1

您可以使用arrows()添加箭头。请参阅vegan:::biplot.rda的代码，了解它在原始函数中的工作原理。

根据你的情节，添加

g <- scores(mod, display = "species")
len <- 1
arrows(0, 0, len * g[, 1],  len * g[, 2], length = 0.05, col = "darkcyan")

您可能需要调整len的值以使箭头更长