图表PCA结果没有使用ggord的环境向量

Question

我正在使用ggord图形包绘制来自R Vegan的PCA结果。

我想在不添加环境变量的情况下绘制PCA图。在R Vegan中，可以毫无问题地绘制PCA，但在ggord中，相同的图形将不起作用。 ggord文档给出的示例包括通过PCA图绘制矢量的环境数据集的代码。我想在ggord中绘制相同的结果，我可以在素食主义者中创建，没有环境向量。

Vegan中的代码，使用示例数据集，生成我想要的图形类型：

ord<-rda(varespec, scale = TRUE)
ord
plot(ord, scaling=3)

ggord documentation使用相同的数据集创建相同的图表，但它包含一个环境数据集：

data(varespec)
data(varechem)
ord <- rda(varespec, varechem)
ggord(ord)

但是，当我尝试在没有环境（varechem）数据的情况下重新创建此图时，R会给我一个错误：

ord <- rda(varespec)
ggord(ord)

Error in names(obs)[1:2] <- axes : 
'names' attribute [2] must be the same length as the vector [

我还试过包含一个虚拟变量，它失败并给了我一个不同的错误。

dummy<-rep(0, 24)
dummy<-as.data.frame(dummy)

ord<-rda(varespec, dummy)
ord
ggord(ord)

Error in ord_in$CCA$wa[, axes] : no 'dimnames' attribute for array

是否有可能在ggord中创建没有环境数据的图表，如素食主义者？如果是这样，我该怎么做？

Answer 1

不要忘记输入?ggord是查找函数中可用选项的好方法。

试试这个：

library(vegan)
library(ggord)

data(varespec)
data(varechem)
names(varechem)<-NULL
ord <- rda(varespec, varechem,scale=TRUE)
ggo<-ggord(ord,arrow=NULL,ptslab=TRUE,obslab=TRUE)
ggo

给出：