Question

我需要根据具有环境向量的相异矩阵（vegdist，方法Bray）制作PCoA图（cmd比例）。

我得到了cmd PCoA图，但是，我不知道如何绘制环境变量的矢量。

是否应将它们放在单独的文件中。是否使用了envfit功能以及我是如何成为初学者的？

如果有人可以一步一步地告诉我如何做到这一点，那就太好了。

谢谢。

Answer 1

有许多免费的可用资源，并提供逐步手册。例如vegan-vignettes，Roeland Kindt的'Tree diversity analysis'以及更多......

Borchard的书（Numerical ecology with R）也非常好。

这是一个启动者：

require(vegan)
data(dune)
data(dune.env)

str(dune)
str(dune.env)

# CMD
cmd <- cmdscale(vegdist(dune, method="bray"))
# Plot CMD
ordiplot(cmd)
# Fit environmental variables
fit_env <- envfit(ord=cmd, env=dune.env)

# plot environmental variables with p < 0.05
plot(fit_env, p.max = 0.05)

# add smooth surface for A1
ordisurf(cmd, dune.env$A1, add = TRUE)

R基于具有环境向量的cmd函数绘制PCoA

1 个答案: