Question

我是R的新手，正在使用Adegenet软件包运行PCoAs。我希望我的每个人都能得到一个不同的符号，但这样做却不成功（我可以为每个人分配不同的颜色，但不是符号）。我尝试了以下内容：

X<-scaleGen(data, scale=FALSE, miss="mean")
pcoX<-dudi.pco(dist(X), scannf=FALSE, nf=3)
col<-palette(c("black", "gray27", "gray45", "gray71"))
s.class(pcoX$li, pop(data), col=col,xax=1, yax=3, axesell=FALSE, grid=FALSE, 
+         cstar=0, pch=(c(16:19)))

但是，不是每个人都被赋予不同的符号，每个符号似乎随机分布在我的四个人群中。有什么建议可以解决这个问题吗？

由于

Answer 1

试试这个......

X<-scaleGen(data, scale=FALSE, miss="mean")
pcoX<-dudi.pco(dist(X), scannf=FALSE, nf=3)

col<-palette(c("black", "gray27", "gray45", "gray71"))

temp <- as.integer(pop(data))
mypch <- c(16:19)[temp]

s.class(pcoX$li, pop(data), col=col,xax=1, yax=3, axesell=FALSE, grid=FALSE, 
+         cstar=0, pch=mypch)

PCoA散点图 - 包adegenet中种群的个体符号

1 个答案: