如何对PCoA的代码散点图进行着色

时间:2011-12-03 23:10:06

标签: r pca scatter-plot multivariate-testing multivariate-partition

所以我是新手。我需要在以下数据矩阵上运行PCoA。我可以使用ADE4,labdsv,Ginko,Aabel软件运行我的分析。困扰我的是如何在散点图中对标签进行颜色编码。我的矩阵是按顺序存在/不存在矩阵:

SpecieName Value1 Value2
A1         0      1
A2         1      1
A3         1      1
B1         0      0
B2         0      1
E1         1      0
E2         0      0

我想要的是用红色表示A1A2A3,用蓝色表示B1B2以及{{1}黑色的。任何帮助将不胜感激。

1 个答案:

答案 0 :(得分:6)

只需将表示这些组的因子传递给绘图命令:

data = read.table('data.txt', header=T)

data.pca = prcomp(data[,-1])

groups = factor(gsub('(.).', '\\1', data$SpecieName))

plot(data.pca$x, col=groups)

enter image description here

此外,如果您想设置特定的颜色,您始终可以使用相同的方式索引到自定义列表:

cols = c('red', 'blue', 'black')[groups]
plot(data.pca$x, col=cols)