所以我是新手。我需要在以下数据矩阵上运行PCoA。我可以使用ADE4,labdsv,Ginko,Aabel软件运行我的分析。困扰我的是如何在散点图中对标签进行颜色编码。我的矩阵是按顺序存在/不存在矩阵:
SpecieName Value1 Value2
A1 0 1
A2 1 1
A3 1 1
B1 0 0
B2 0 1
E1 1 0
E2 0 0
我想要的是用红色表示A1
,A2
和A3
,用蓝色表示B1
和B2
以及{{1}黑色的。任何帮助将不胜感激。
答案 0 :(得分:6)
只需将表示这些组的因子传递给绘图命令:
data = read.table('data.txt', header=T)
data.pca = prcomp(data[,-1])
groups = factor(gsub('(.).', '\\1', data$SpecieName))
plot(data.pca$x, col=groups)
此外,如果您想设置特定的颜色,您始终可以使用相同的方式索引到自定义列表:
cols = c('red', 'blue', 'black')[groups]
plot(data.pca$x, col=cols)