如何对PCoA的代码散点图进行着色

Question

所以我是新手。我需要在以下数据矩阵上运行PCoA。我可以使用ADE4，labdsv，Ginko，Aabel软件运行我的分析。困扰我的是如何在散点图中对标签进行颜色编码。我的矩阵是按顺序存在/不存在矩阵：

SpecieName Value1 Value2
A1         0      1
A2         1      1
A3         1      1
B1         0      0
B2         0      1
E1         1      0
E2         0      0

我想要的是用红色表示A1，A2和A3，用蓝色表示B1和B2以及{{1}黑色的。任何帮助将不胜感激。

Answer 1

只需将表示这些组的因子传递给绘图命令：

data = read.table('data.txt', header=T)

data.pca = prcomp(data[,-1])

groups = factor(gsub('(.).', '\\1', data$SpecieName))

plot(data.pca$x, col=groups)

此外，如果您想设置特定的颜色，您始终可以使用相同的方式索引到自定义列表：

cols = c('red', 'blue', 'black')[groups]
plot(data.pca$x, col=cols)