Question

应该是一个简单的问题，但是到目前为止，我还没有找到确切的操作方法。

我的矩阵如下：

sample var1 var2 var3 etc.
1      5    7    3     1
2      0    1    6     8
3      7    6    8     9
4      5    3    2     4

我用素食主义者进行了PCoA并绘制了结果。现在我的问题是我想根据预定义的组为样本着色：

group sample
1     1
1     2
2     3
2     4

如何导入组，然后根据tey所属的组绘制彩色点？看起来很简单，但是我为此一直抓挠头。

谢谢！塞巴

Answer 1

您说您使用了纯素 PCoA，我认为它是指wcmdscale功能。默认的vegan::wcmdscale仅返回与标准stats::cmdscale类似的得分矩阵，但是如果您添加了一些特殊参数（例如eig = TRUE），则会得到一个完整的wcmdscale结果对象，该对象具有专用的plot和points方法，您可以执行以下操作： plot(<pcoa-result>, type="n") # no reproducible example: edit like needed points(<pcoa-result>, col = group) # no reproducible example: group must be visible 如果您使用的是现代的纯素食主义者（2.5.x），则以下内容也适用： library(magrittr) plot(<full-pcoa-result>, type = "n") %>% points("sites", col = group)

按组为R PCoA图的个体着色

1 个答案: