我的输入文件以样本ID作为行名称进行组织，每列代表一个特定的操作分类单元，数据是该OTU的绝对丰度数。我设置了具有二进制虚拟变量的csv文件，以指示样本是3个位置（L1，L2，L3）之一和6个描述类别（D1，D2，D3，D4，D5，D6）之一。每个样本对于三个L类别中的一个和6个D类别中的一个具有1，并且对于它们不属于的其他7个类别具有零。虚拟变量位于数据表的前9列中。当我用这个公式运行CCA时：
L6DummyVariables.cca <- cca(L6DummyVariables[ ,10:100] ~ L1+L2+L3+D1+D2+ D3+D4+D5+D6,
data=L6DummyVariables)
并绘制它，L3和D6没有矢量箭头。我需要在配方中改变一些东西吗？有人告诉我，他们不在，因为其他载体与失踪的载体有关，但这似乎对我没有意义。我看过的其他教程似乎显示了所有变量我的排序经验非常有限，所以如果我遗漏了一些基本的东西我会道歉。谢谢！ My CCA Plot
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L1，L2和L3向量与（截距）项共线，因此其中一个（在这种情况下为L3）被丢弃。同样，对于您的一个描述性变量。这听起来像你的回归或线性代数经验是因果关系＆＃34;限制＆＃34;在这里，而不是＆＃34; ordination经验不足＆＃34;。我们无法评论＆＃34;其他＆＃34;未开发的教程。关于术语的说明：＆＃34;环境变量＆＃34;是一个术语，用于描述确定R和相关包的操作的系统级变量，因此如果您指的是您的协变量，那么将该短语与R程序员一起使用可能会引起混淆。
您可能也在浪费努力创建虚拟变量。 R因子能够编码不同的组成员资格，R回归函数将自动生成＆＃34; dummies＆＃34;在model.matrix构建时。
