vegan package cca error：rowsum（X）必须是＆gt; 0：缺少需要TRUE / FALSE的值

Question

我正在尝试针对一系列环境变量（envvar）对饮食构成数据（prey.counts）进行规范对应分析。每行和每列总和大于0，但我不断收到此错误消息：

diet <- cca(prey.counts, envvar$SL + envvar$Month + envvar$water.temp + 
            envvar$salinity + envvar$DO)

Error in if (any(rowSums(X) <= 0)) stop("All row sums must be >0 in the community data matrix") : 
  missing value where TRUE/FALSE needed

我有两次和三次检查了NA或空列/行的prey.counts数据帧，并且没有一个总和为零或缺少值。 R，RStudio和所有软件包都是最新的。任何帮助将不胜感激！

梅雷迪思

Answer 1

问题是你如何调用函数，你似乎混合了默认和公式接口（并且当你在它时滥用公式表示法）。

这有用吗：

diet <- cca(prey.counts ~ SL + Month + water.temp + salinity + DO, data = envvar)

或者，如果命名变量是envvar中唯一的变量，则可以执行

中的任何一个

diet <- cca(prey.counts ~ ., data = envvar)

或

diet <- cca(prey.counts, envvar)

后者使用default的不太灵活但简单的cca()方法。