CCA将可变级别作为文本添加到图形中

时间:2018-10-19 13:55:22

标签: r vegan

我正在尝试绘制一些环境和宏观动物数据的CCA图。我的代码如下:

library(dplyr)
library(vegan)
library(ggvegan)

all_abun <- abundance
env_PLI <- environment

env_vectors <- env_PLI[, c(1, 3:14)]
abun_GEMAX <- all_abun %>% filter(method == "GEMAX") %>% select(-`Limapontia spp.`)
abun_df <- abun_GEMAX[, 7:29]

site_CCA <- cca(abun_df ~ NH4_inv_PW + C_1cm + PLI + season_year, data = env_PLI)

autoplot(site_CCA)

现在,可变的season_year具有两个级别,“ 2016年秋季”和“ 2017年夏季”。由于某种原因,CCA认为有义务将其添加到结果图中,即使它对其他变量没有做同样的事情。

problem

如何阻止这种情况发生,所以我只能有一个图,上面写着“ season_year”,而没有“ 2016年秋季”和“ 2017年夏季”呢?

1 个答案:

答案 0 :(得分:0)

如果有因子约束,它们将显示在图形中。您已将season_year定义为一个因子,其水平显示在图形中。其他约束是连续的矢量约束,它们显示为箭头。要使season_year作为连续变量显示为箭头,必须将season_year定义为连续变量。