环境向量到素食主义者的CCA图（R）

Question

我正在使用CCA功能在纯素包中执行约束排序。我有一个不同地点的物种组成矩阵和相关的环境矩阵。

invertcca<-cca(invert.rel~X100m, env)
plot(invertcca)

默认情节给出了站点和物种分数，以及显示环境变量的向量。它很乱，但这就是它的样子：

然后我正在玩定制情节。除了添加环境向量之外，我几乎所有工作都在工作。我确实找到了'envfit'的代码，但我不认为这是正确的。它创建箭头但位于与上图不同的位置。我已将我的代码和图片包含在下面。有什么建议吗？

colvec<-c("magenta", "seagreen", "deepskyblue")
fit <- envfit(invertcca~X100m, env)

plot(invertcca, main="Invert CCA", type="n")
with(env, points(invertcca,display="sites",col=colvec[Disturbance], cex=1.2, pch=21, bg=colvec[Disturbance]))
text(invertcca, display="species", cex=0.5, col="gray0")
with(env, legend("topright", legend=levels(Disturbance), col=colvec, pch=21, pt.bg=colvec))
plot(fit, cex=1.0, axis=TRUE)

Answer 1

据我所知，这可能与您对envfit的要求有关。尝试：

fit <- envfit(invertcca~100m,env,perm=999,display="lc")

我尝试使用vegan包中的varespec数据集并遇到同样的问题，直到我按照示例表格中的素食手册中的说明进行操作。

data(varespec)
data(varechem)
ord <- cca(varespec~Al,varechem)
fit <- envfit(ord~Al,varechem,perm=999,display="lc")
plot(ord)

plot(ord,type="n")
plot(fit)
points(ord)

希望这会有所帮助