Question

我正在使用envfit在环境向量中创建一个NMDS排序图，我在某些环境变量中缺少值。为了不排除一个变量中包含缺失值的所有变量的所有行（与na.rm = TRUE一样），我分别对每个变量运行envfit，但现在想在同一个图上绘制结果。因此，我需要使用arrow.mul参数使箭头的比例相互比较。在这里我遇到了我的问题：矢量标签的位置似乎没有听到arrow.mul，标签保持原来的位置，漂浮在太空中。

如果有人可以告诉我如何让标签移动到新的箭头位置，或者建议找到缺失值的解决方法，那就太棒了。我希望我不会错过一些明显的东西！

以下是使用素食主义者沙丘数据的顽固标签的可重复示例：

data(dune)
data(dune.env)
de2<-dune.env[,c(1,2)]
ord<-metaMDS(dune,k=2)
plot(ord)
de2$Moisture<-as.numeric(de2$Moisture) #pretend this is numeric
ev<-envfit(ord,de2,choices=c(1,2))
ordiplot(ord,type="n")
points(ord,pch=16,col=c(1:4)[dune.env$Management])
plot(ev,arrow.mul=1,labels=list(vectors=c("A1","Moisture")),
     col="black",cex=0.9,bg="white")#floating labels
plot(ev,labels=list(vectors=c("A1","Moisture")),
     col="black",cex=0.9,bg="white")#labels are fine with no arrow.mul
plot(ev,arrow.mul=1) #default labels behave the same and float with arrow.mul

（是的，我知道我应该学会使用ggplot，但不愿意直到现在，只为此......）

Answer 1

这确实是素食主义者中的错误。我会在github中修复它。同时，您可以使用plot(ev, arrow.mul = 1, rescale = FALSE)来浮动文本。这会给你一个警告，但它是无害的，并且会起作用。与此同时，我将在素食主义者中解决这个问题。

R vegan envfit标签不随arrow.mul移动？

1 个答案: