用于微阵列数据的标准化

Question

我想在R包中使用RMA规范化数据。但有问题是它没有读取.txt文件。请告诉我，“我为从.txt文件规范化数据做了什么？” 请回复

Answer 1

Bioconductor中的所有标准化方法基本上都基于AffyBatch类。因此，您必须阅读文本文件（可能是矩阵）并手动创建AffyBatch：

AB <- new("AffyBatch", exprs = exprs, cdfName = cdfname, phenoData = phenoData,...)

Answer 2

RMA需要ExpressionSet结构。在阅读文件（read.table()）并清理colnames和row.names后，将文件转换为矩阵并使用：

a<-ExpressionSet(assayData=matrix)

如果没有用，请将* .txt数据导入flexarray软件，该软件可以读取并执行rma。

这可能有效。

Answer 3

我使用Limma R包中的normalizeQuantiles（）函数：

library(limma)


mydata <- read.table("RDotPsoriasisLogNatTranformedmanuallyTABExport.tab", sep = "\t", header = TRUE) # read from file


b = as.matrix(cbind(mydata[, 2:5], mydata[, 6:11])) # set the numeric data set

m = normalizeQuantiles(b, ties=TRUE) # normilize

mydata_t <- t(as.matrix(m)) # transpose if you need