通过MNI坐标提取微阵列数据

Question

如何在RESTful中编写查询以通过MNI坐标获取人类微阵列数据？

我想在一个MNI空间内提取所有微阵列测得的基因表达水平的CSV。或按结构，但使用MNI坐标，每个微阵列样本都来自。

Answer 1

压缩电子表格中提供了这些文件，您可以在此处下载：

http://human.brain-map.org/static/download

示例电子表格中有mni_x，mni_y和mni_z列。

通过RMA，您可以下载给定供体（例如，名称H0351.2001，ID 9861）的T1-> MNI仿射变换，如下所示：

http://api.brain-map.org/api/v2/data/Specimen/query.xml?criteria=[name$eq'H0351.2001']&include=alignment3d

可以将返回值整形为这样的矩阵（MATLAB语法）：

M = [ x.tvr_00 x.tvr_01 x.tvr_02 x.tvr_09;
      x.tvr_03 x.tvr_04 x.tvr_05 x.tvr_10;
      x.tvr_06 x.tvr_07 x.tvr_08 x.tvr_11 ];

然后，您可以获取样本的T1 XYZ坐标，并乘以该矩阵，然后获得粗略的MNI坐标。