散点基因表达图微阵列数据

Question

我的问题是如何制作散点图以显示过表达和表达不足基因的颜色。此时散点图仅显示黑色。我想在图上用红色过度表达的基因和低表达的蓝色基因表示。我附上了散点图的快照和。我需要有关代码的帮助。它在R中。这段代码产生的散点图只显示黑色的所有内容。

分散图显示一组与另一组

dataA <- rowMeans(filtered_condensed$E[,7:9])
dataB <- rowMeans(filtered_condensed$E[,10:12])

par(family="mono")

meanX = dataA
meanY= dataB


plot(meanX, meanY, main = "Expression in OPCs vs oligodendrocyte ",
    xlab="OPCs log2 expression: group1", ylab="oligodendrocyte log2 expression: group2", cex=0.5, cex.lab= 0.9, title(cex.main=2, font.main=7))
abline(-1, 1, col='purple', lty="dashed")
abline(1, 1, col="purple", lty="dashed")

Answer 1

我将在此处添加一些示例数据进行测试：

set.seed(23)
meanX <- runif(1000)
meanY <- meanX + rnorm(1000)

由于您在不同截距处的斜率为1，因此您可以通过查看X和Y值之间的差异来轻松计算线条上方和下方的斜率。然后我只是在极值上面绘制了彩色点

plot(meanX, meanY, main = "Expression in OPCs vs oligodendrocyte ",
    xlab="OPCs log2 expression: group1", 
    ylab="oligodendrocyte log2 expression: group2", 
    cex=0.5, cex.lab= 0.9, title(cex.main=2, font.main=7))
abline(-1, 1, col='purple', lty="dashed")
abline(1, 1, col="purple", lty="dashed")
above <- meanY-meanX > 1
points(meanX[above], meanY[above], col="red", cex=0.5)
below <- meanY-meanX < -1
points(meanX[below], meanY[below], col="blue", cex=0.5)

这会生成以下图