如何使用免费软件从微阵列Gene Pix数据计算贝叶斯网络？

Question

我尝试使用MeV26，Bayesia软件和R从26列基因表达微阵列数字（.csv文件，652个基因）制作贝叶斯网络。有经验的人是否可以建议使用哪些软件和脚本以及哪些书籍和教程最适合该任务？那有没有Python或Ruby库？

谢谢

Answer 1

软件工具：

最简单的方法是使用WEKA。只需将数据导入WEKA，选择贝叶斯/贝叶斯网络（BN）作为分类器选项，学习结构并查看分类性能。

第二种方法是将R与bnlearn包一起使用。

通常，您可以找到所有主要语言的BN库。我不熟悉Ruby，但Python有this。

但同样，我建议先使用WEKA，因为它几乎可以立即为您提供结果，您可以稍后使用它来对您通过任何语言弄脏/编码所获得的更详细的结果进行基准测试。

<强>读：

显然，有很多文章在国阵发布，但你可能无法访问它们，我认为你不想付钱直接购买一本书。 MatLab BNT的开发人员K. Murphy有一个很好的介绍article。此外，BNT的manual本身提供了一个很好的，简短的动手（如果你有MatLab），介绍了BN的使用。