Question

我有一个数据集，包含24种不同样本中各种基因的基因表达数据。在我当前的数据框中，每行都是一个基因，每列都是一个样本。

我想创建一个点图，其中每个点都是一个基因，y轴代表样本A中该基因的表达，x轴代表样本B中同一基因的表达。

我试图搜索这个，但不知道这样的情节叫什么或我怎么找到它。我的大多数其他绘图都是用ggplot2绘制的，但使用什么包来解决问题无关紧要。

示例数据：

sample_A<-c(2,3,1)
sample_B<-c(-1,4,-3)
genes <- c("gene1","gene2","gene3")
df<-data.frame(sample_A,sample_B,row.names = genes)

数据框：

      sample_A sample_B
gene1        2       -1
gene2        3        4
gene3        1       -3

Answer 1

带有ggplot2的

geom_point可能是您正在寻找的。也可以使用geom_label标记点。

require(ggplot2)
p <- ggplot(df, aes(x = sample_B, y = sample_A))+
  geom_point()+
  geom_label(aes(label = rownames(df)))