我对Bioinformatics完全陌生，但我有一个微阵列数据文件（txt），其中包含已进行log 2转换的预处理数据。看起来像这样：
ProbeID GSM1843834_BCR_T100_Probe40.CEL GSM1843835_BCR_T101_Probe44.CEL
1007_s_at 6.21000831 6.990158924
1255_g_at 9.335597098 8.343160084
1552271_at 3.912098064 4.29430522
基本上，这是一个数据帧，共有54675行（探针ID）和21列，它们是BCR或CLRT组。 BCR位于2到11列，而CTRL位于12到21列。
我正在尝试进行t检验和limma检验，以查看“ BCR”和“ CLRT”组之间是否存在显着不同的基因，并在BH-FDR截止时选择显着的基因。调整后的p值<0.01级别和倍数变化> 2或<-2（0.5））
到目前为止，这是我的代码，无论出于何种原因，该代码都不起作用：
pvalue.BCR.CTRL<-apply(preprocessed.data,1,function(x){t.test(x[2:11],x[12:21])$p.value})
我收到的错误消息： if（stderr <10 * .Machine $ double.eps * max（abs（mx），abs（my）））stop（“ data本质上是恒定的”）中的错误： 需要TRUE / FALSE的缺失值 另外：警告消息： 1：在mean.default（x）中：参数不是数字或逻辑：返回NA 2：在mean.default（y）中： 显示回溯
使用调试重新运行 if（stderr <10 * .Machine $ double.eps * max（abs（mx），abs（my）））stop（“ data本质上是恒定的”）中的错误： 缺少需要TRUE / FALSE的值
不确定该如何解决？我在数据框上运行了str，据我所知，所有列都是数字。