skbio模块的ImportError

Question

我正在运行Python 3，并已安装 skbio v0.5.5。遵循this tutorial中的示例，我试图为某些skbio类运行import语句，但出现错误。例如，

from skbio.alignment import Alignment

产生

  

ImportError：无法从“ skbio.alignment”导入名称“ Alignment”

也是

from skbio import BiologicalSequence

结果

  

ImportError：无法从“ BiologicalSequence”中导入名称“ Alignment”

我该如何解决？

Answer 1

Alignment类来自skbio库的旧版本，尤其是0.3版之前的版本。

如果您想使用这些类，则需要通过以下操作从该版本之前安装scikit-bio：

pip install scikit-bio==0.2

如果您刚读完《应用生物信息学概论》一书，就像您在评论中提到的那样，最好使用use the latest version of the book instead，它将使用scikit-bio库的最新版本。