我想使用Emperor在QIIME的背景下创建一个交互式PCoA图。为此，我需要从我的数据矩阵生成一个排序文件，就像skbio.stats.ordination.CA提供的结果一样。
我的数据是细菌菌株（行）的大熊猫数据框架和基因组中的COG（列）。每列是不同的COG，每个菌株具有0至4个每个COG的拷贝。矩阵中有很多零，但没有完全由零填充的行或列。
当我尝试按如下方式运行stats.ordination.CA时：
res_ord = stats.ordination.CA(matrix_dm, row_ids=matrix_dm.index, column_ids=cogs)
其中cogs是由matrix_dm列标题组成的pandas系列。
我收到一个很长的错误，以下结尾： ＆＃39; LinAlgError：SVD没有收敛＆＃39;
我已经确认我的矩阵中不含任何NaN或Infs。根据其他几个主题，这可能是scikit-bio中的一个错误。关于可能发生什么的任何其他想法？