Question

是否可以输出CDS功能的基因位置，或者我是否需要解析位置＆＃39;或者＆＃39;补充＆＃39;我自己？

例如，

seq = Sequence.read(genbank_fp, format='genbank')
for feature in seq.metadata['FEATURES']:
    if feature['type_'] == 'CDS':
        if 'location' in feature:
            print 'location = ', feature['location']
        elif 'complement' in feature:
            print 'location = ', feature['complement']
        else:
            raise ValueError('positions for gene %s not found' % feature['protein_id'])

会输出：

location =＆lt; 1..206

location = 687..3158

用于this样本GenBank文件。

BioPython中可以使用此功能（参见this thread），我可以输出已经解析的位置（例如，start = 687，end = 3158）。

谢谢！

Answer 1

对于该示例，您可以使用以下代码仅获取该功能的Sequence对象：

# column index in positional metadata
col = feature['index_']
loc = seq.positional_metadata[col]
feature_seq = seq[loc]
# if the feature is on reverse strand
if feature['rc_']:
    feature_seq = feature_seq.reverse_complement()

注意：GenBank解析器是在开发分支中新添加的。

从GenBank文件输出基因位置

1 个答案: