Question

我尝试解析GenBank文件，以便获取入藏号，定义，文件大小和DNA序列

有没有办法修改我的代码并使其更短，只需像在书中那样一次声明所有变量，并用一两个代码块解析文件？

Answer 1

如果您有权访问Bio Perl，则可能会找到以下解决方案。

#!/usr/bin/perl
use strict;
use warnings;
use Bio::SeqIO;

my $in  = Bio::SeqIO->new( -file   => "input.txt",
                           -format => 'GenBank');

while ( my $seq = $in->next_seq ) {
    my $acc = $seq->accession;
    my $length = $seq->length;
    my $definition = $seq->desc;
    my $type = $seq->molecule;
    my $organism = $seq->species->binomial;

    if ($type eq 'mRNA'              &&
        $organism =~ /homo sapiens/i &&
        $acc =~ /[A-Za-z]{2}_[0-9]{6,}/ )
    {
        print "$acc | $definition | $length\n";
        print $seq->seq, "\n";
        print "\n";
    }
}

我能够从我拥有的样本GenBank文件（input.txt）中捕获5个变量。它应该简化你的代码。

解析GenBank文件

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