Question

我偶然发现了Genbank格式的文件（此处显示为最小的虚拟示例），其中包含一个嵌套的功能：

FEATURES             Location/Qualifiers
     xxxx_domain     complement(complement(1..145))

这样的功能崩溃了当前的Biopython Genbank解析器（1.59版本），但它显然没有在之前的版本中（例如1.55）。显然这种行为已经在1.57（见下面的评论）。

从Biopython bugtracker中，似乎旧的locationparser代码在1.56中被删除了：

我可以从ftp://ftp.ncbi.nih.gov/genbank/gbrel.txt和http://www.insdc.org/documents/feature_table.html#3.4.2的格式说明中推断出这种情况，这很可能无效。（但请参阅下面的评论）。

有人可以对此发表评论。即这是Biopython中的故障还是Genbank文件的格式？

完整的演示文件：

LOCUS       XXXXXXXXXXXXXX         240 bp    DNA     circular     17-JAN-2012
DEFINITION  xxxxxx.
KEYWORDS    xx.
SOURCE      
  ORGANISM  
FEATURES             Location/Qualifiers
     xxxx_domain     complement(complement(1..145))
                     /vntifkey="1"
                     /label=A label
                     /note="A note"
BASE COUNT       75 a        57 c        42 g        66 t 
ORIGIN
        1 tttacaaaac gcattttcaa accttgggta ctaccccctt ttaaatatcc gaatacacta 
       61 ataaacgctc tttcctttta ggtaaacccg ccaatatata ctgatacaca ctgatagttt 
      121 aaactagatg cagtggccga ccatcagatc tagtaggaaa cagctatgac catgattacg 
      181 cattacttat ttaagatcaa ccgtaccagt ataccctgcc agcatgatgg aaacctccct 
//

显示错误的最小演示程序（假设安装了Biopython 1.59和Python 2.7，并且上述文件可用作“test.gb”：

#!/usr/bin/env python
from Bio import SeqIO
s = SeqIO.read(open("test.gb")), "r"), "genbank")

这与

崩溃

    raise LocationParserError(location_line)
Bio.GenBank.LocationParserError: complement(1..145)

Answer 1

我认为这是一个无效的位置。这是来自NCBI文件还是其他地方？

请注意，对于Biopython 1.60（下一版本），我们计划将错误的位置视为警告，而不是停止解析的错误。

这是有效的Genbank功能描述还是Biopython错误？

1 个答案: