Question

我有这样的GenBank核苷酸序列表：

>list
NM_144958
NM_144959
NM_144960
NM_144961
NM_144962
NM_144963
XM_006539402

我希望使用Biomart将它们转换为自己的Gene Symbols，我试过这个

ensembl = useMart(biomart = "ENSEMBL_MART_ENSEMBL",
              dataset="mmusculus_gene_ensembl", 
              host = "www.ensembl.org")

convert.fun<-function(x){
  getBM(attributes="external_gene_name", values = x, mart=ensembl )

}

convert<-apply(list,1,FUN=convert.fun)

它返回一个列表，其中包含每个元素中相同的名称和数字。

Answer 1

"external_gene_name"属性需要按您拥有的值进行过滤。您的值是RefSeq RNA标识符，因此您希望使用过滤器"refseq_mrna"。 getBM()是矢量化的，因此一次处理所有基因标识符，因此创建一个字符向量（我不确定list是什么，我认为你编辑了上面的输出），例如，

values = c("NM_144958", "NM_144959", "NM_144960")

并使用它们

getBM(c("refseq_mrna", "external_gene_name"), "refseq_mrna", values,
      mart=ensembl)

（第一个参数返回查询以及标识符，当有1：0或1：多个映射时，这有助于第二个标识符）。

>     getBM(c("refseq_mrna", "external_gene_name"), "refseq_mrna", values,
+           mart=ensembl)
  refseq_mrna external_gene_name
1   NM_144958             Eif4a1
2   NM_144960              Fcamr

对于此类问题，biostars或Bioconductor support forum可能是更合适的论坛。

将GenBank核苷酸加入转换为基因符号

1 个答案: