Question

我使用的是skbio（0.5.4）中的Smith-waterman的包装版本，但我有一个未指明的错误：

_，得分，_ = local_pairwise_align_ssw（protein_list [idx1]，protein_list [idx2]，substitution_matrix = blosum62）
  在local_pairwise_align_ssw中的文件“ /anaconda3/lib/python3.6/site-packages/skbio/alignment/_pairwise.py”，第732行
    validate = False）
  __init__
中的文件“ /anaconda3/lib/python3.6/site-packages/skbio/alignment /_tabular_msa.py”，行785     reset_index = minter为None，索引为None）
  1956行中的“ /anaconda3/lib/python3.6/site-packages/skbio/alignment /_tabular_msa.py”文件
    self._assert_valid_sequences（序列）
  _assert_valid_sequences中的文件“ /anaconda3/lib/python3.6/site-packages/skbio/alignment /_tabular_msa.py”，第2035行，
    ％（长度，预期长度）
ValueError：每个序列的长度必须与MSA中的位置数匹配：232！= 231

奇怪的是，有时错误出现在蛋白质对0-10上，而其他错误在0-116之间。所以，我不认为这是蛋白质来源的错误。

Answer 1

我有类似的问题。但是，我能够将错误限制为优化的SSW版本。因此序列格式没有错误。

import warnings
from skbio.sequence import Protein
with warnings.catch_warnings():
    warnings.filterwarnings("ignore", message="...")
    from Bio.Align import substitution_matrices
from skbio.alignment import local_pairwise_align_ssw
from skbio.alignment import local_pairwise_align

peptide1 = Protein("CGAGDNQAGTALIF")
peptide2 = Protein("CAGEEGGGADGLTF")
gap_open_penalty = 10
gap_extend_penalty = 10
substitution_matrix = substitution_matrices.load("BLOSUM45")

## works correct
rv = local_pairwise_align_ssw(
      sequence1 = peptide1
    , sequence2 = peptide2
    , gap_open_penalty=1
    , gap_extend_penalty=1
    , substitution_matrix=substitution_matrix
)
print(rv)

## but if I swap peptide1 and peptide 2 the ValueError occur
rv = local_pairwise_align_ssw(
      sequence1 = peptide2
    , sequence2 = peptide1
    , gap_open_penalty=1
    , gap_extend_penalty=1
    , substitution_matrix=substitution_matrix
)
print(rv)

## if I do the same with local_pairwise_align it works!
rv = local_pairwise_align(
      seq1=peptide2
    , seq2=peptide1
    , gap_open_penalty=1
    , gap_extend_penalty=1
    , substitution_matrix=substitution_matrix
)
print(rv)

使用Skbio 0.5.4中的Smith-waterman时出错

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