关于Smith-Waterman算法的问题

Question

我正在使用Smith-Waterman算法运行一些字符串匹配测试。我目前正在使用SimMetrics（Java开源项目）来运行测试。

当我比较'Bloggs J.'时，有谁可以解释为什么到'Bloggs'我的相似度值为1.0？

显然存在差距（例如'o'和'。'），但它似乎没有受到惩罚。

提前谢谢。

Answer 1

Smith-Waterman Algorithm是本地对齐算法。这意味着它设计用于对齐好的字符串的件，而不是对齐整个字符串。你所说的“差距”不应该被视为差距，因为它被认为是在对齐区域之外发生的。没有长度为'Bloggs'的字符串可能更好地与'Bloggs J'对齐。比'博格'做的。如果您想要全局对齐，则应使用Needleman-Wunsch Algorithm代替。