从ancom函数返回f统计信息

时间:2018-11-29 03:10:42

标签: skbio

我正在使用scikit-bio在某些OTU表上运行ANCOM,并且我希望能够绘制火山图来帮助我解释我的结果,如here所述,但返回的表仅具有W统计量,而不是f统计量。可以这样做吗?

我正在运行的代码是:

ancom_df, percentile_df = ancom(df, grouping, alpha = 0.05, multiple_comparisons_correction = 'holm-bonferroni', significance_test='scipy.stats.f_oneway')

如果不可能的话,是使用QIIME2 plugin的最佳选择吗?

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