Question

嘿有skbio队。

所以我需要允许DNA或RNA MSA。当我执行以下操作时，如果我遗漏了alignment_fh.close（），skbio会读取＆＃39;非标题＆＃39;在except块中的行让我觉得我需要先关闭文件，所以它会从头开始，但是如果我添加了alignment_fh.close（），我就无法读取它了。我尝试通过各种方法打开它，但我相信TabularMSA.read（）应该允许文件或文件句柄。思考？谢谢！

λ: >:t instance
<interactive>:1:1: error: parse error on input ‘instance’
λ: >:i instance
<interactive>:1:1: error: parse error on input ‘instance’

Answer 1

我尝试通过各种方法打开它，但我相信TabularMSA.read（）应该允许文件或文件句柄。

您是正确的：scikit-bio通常支持使用打开的文件句柄或文件路径读取和写入文件。

您遇到的问题是，您的第一个TabularMSA.read()调用会读取打开文件句柄的全部内容，以便在{{1}内遇到第二个TabularMSA.read()调用时阻止，文件指针已经在打开文件句柄的末尾 - 这就是为什么你得到一条错误消息，暗示文件是空的。

这种行为是故意的;当scikit-bio被赋予一个打开的文件句柄时，它将读取或写入文件，但不会尝试管理句柄的文件指针（该类型的管理由代码的调用者决定））。

现在，当要求scikit-bio读取文件路径（即包含磁盘上文件路径或某些URI可访问的字符串）时，scikit-bio将处理打开和关闭文件句柄，所以通常更容易。

您可以使用文件路径或文件句柄来实现目标。在以下示例中，假设except是aln_filepath指向磁盘上的对齐文件（例如str）。

使用文件路径：您只需将文件路径传递给"/path/to/my/alignment.fasta"个调用;您无需TabularMSA.read()或open()来电。
```
close()
```
使用文件句柄：在第二次阅读之前，您需要打开文件句柄并重置try: aln = skbio.TabularMSA.read(aln_filepath, constructor=skbio.RNA) except ValueError: aln = skbio.TabularMSA.read(aln_filepath, constructor=skbio.DNA)块中的文件指针。
```
except
```

注意：在这两个示例中，我都使用了with open(aln_filepath, 'r') as aln_filehandle: try: aln = skbio.TabularMSA.read(aln_filehandle, constructor=skbio.RNA) except ValueError: aln_filehandle.seek(0) # reset file pointer to beginning of file aln = skbio.TabularMSA.read(aln_filehandle, constructor=skbio.DNA)而不是＆＃34; catch-all＆＃34; except ValueError声明。我建议捕获特定的错误类型（例如except）而不是任何异常，因为代码可能会以不同于您预期的方式失败。例如，使用＆＃34; catch-all＆＃34; ValueError声明，用户无法使用except中断您的计划，因为Ctrl-C会被捕获并被忽略。

打开文件句柄，以便在skbio中与TabularMSA一起使用

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