所以我目前对使用Snakemake使用--export-cwl函数将某些snakemake管道转换为CWL感兴趣，但是我意识到这要求在配置文件中预定义所有输入文件名。这意味着该cwl工作流仅对当前的管道运行有用，并且不能导出为可以适应各种配置参数的更通用的管道（例如，我必须为每个单独的管道重新运行转换工具运行它经历过的一切）。这是Snakemake转换工具或CWL的限制吗？我对CWL不太熟悉，所以对它的内部运作了解得很少。还是我没有看到某些解决方法？
感谢您的帮助！
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实际上，-export-cwl当前导出工作流的当前配置实例，尤其是具体作业。实际上，它甚至直接在CWL中定义了作业的整个DAG（所有依赖关系推断都在Snakemake中进行）。这允许在基于CWL的系统上执行工作流程。从某种意义上说，它可以轻松地应用于新的数据集，它不允许直接将Snakemake工作流程移植到CWL。原因是CWL在聚合模式方面不如Snakemake强大（后者可以利用完整的Python来确定特定作业的输入文件）。
尽管如此，Snakemake和CWL团队都对增加通用出口感兴趣。这可能仅限于某些工作流程，或者取决于CWL的未来改进。任何帮助将不胜感激。