使用＆＃34; snakemake --config＆＃34;将标志传递给命令

Question

我已经阅读了Snakemake教程，我很清楚如何使用＆＃34; snakemake --config ...＆＃34;修改参数，并将这些参数传递给正在执行的命令。我可以使用＆＃34; - config＆＃34;将标志传递给命令？例如，我可以根据使用＆＃34; - config＆＃34;来编写将执行这些命令之一的Snakefile吗？

muscle -in unaligned.fa -out aligned.fa

muscle -in unaligned.fa -out aligned.fa -msf

Answer 1

是的，在Snakemake的shell命令定义中，您可以直接访问config：

rule a:
    input: ...
    output: ...
    shell:
        "muscle -in {input} -out {output} {config[muscle-params]}"

鉴于你，例如调用snakemake --config muscle-params="-msf" 或者（甚至更好）在配置文件中定义密钥。