如何在蛇形管道中添加到配置文件并定义全局变量？

Question

我是snakemake的新手，正在尝试创建一个在配置中包含示例文件的管道。规则将解析此文件并提取管道所需的某些信息。因此，我想将其添加到配置文件或创建全局变量吗？还是强迫它在定义配置文件或变量之前等待规则完成？

我尝试使用带有shell cat命令的规则将其添加到配置文件中。但是它不会尝试运行，因为输出是配置文件。还尝试在规则后声明配置文件，但顺序无关紧要。还尝试将输出文件作为规则的一部分

include:"fastqc.snake"

IDS, = glob_wildcards("testdata/samples/{id}.fastq.gz")

rule all:
    input:  expand("fastqc_reports/{id}_fastqc.html", id=IDS)

rule add:
    input:
        "test_in.txt" 
    output:
        "config.yaml"
    shell:
       "cat {input} >> {output}"


configfile: "config.yaml"

我希望将输入文件的内容附加到配置文件中。实际上，这是我在输入文件中找到的许多变量。或者我希望能够基于输入文件的解析来创建全局变量。