snakemake可以根据参数选择配置文件吗？

Question

我正在构建一个将用于不同配置的snakemake工作流程。

理想情况下，我可以在命令行上传递一个参数来确定要使用的conf文件。

我知道如何传递参数，例如

--config parameter=value

但据我所知，这会将其添加到配置字典中。

所以我无法使用此参数定义configfile。

感谢您的评论。

Answer 1

您是否使用过--configfile。如果你想在命令行中切换configfile的选择，而不是在snakemake运行中，这应该是你需要的参数。