Question

是否可以将蛇make文件和/或规则文件配置为仅在某些情况下使用命令行开关执行某些规则。

要详细说明，可以说我的规则文件夹中有以下规则：

规则1
规则2a
规则2b
规则2c
规则3

是否可以通过这种方式配置/执行工作流程：

呼叫snakemake --user_option 2a将导致规则1，规则2a，规则3被调用
调用snakemake --user_option 2b将导致规则1，规则2b，规则3被调用
依此类推

谢谢。

Answer 1

您可以在命令行中传递user_option作为配置键，然后使用if-else来决定要使用的中间规则。例如。

snakemake --config option='2a'

虚拟的Snakefile：

rule all:
    input:
        'output.txt',

rule one:
    output:
        'foo.txt'

if config['option'] == '2a':
    rule two_a:
        input:
            'foo.txt',
        output:
            'bar.txt',
elif config['option'] == '2b':
    rule two_b:
        input:
            'foo.txt',
        output:
            'bar.txt',
else:
    sys.exit() ## handle this case

rule three:
    input:
        'bar.txt',
    output:
        'output.txt',

是否可以使用命令行标志启用/禁用某些Snakemake规则

1 个答案: