Snakemake:是否可以仅使用--dryrun显示“作业计数”?

时间:2019-04-19 15:15:25

标签: snakemake

如何让Snakemake在空试中仅显示Job counts字段?在执行实际运行时,这是Snakemake在开始作业之前输出的第一个信息。

当前,获得工作计数的方法是在没有-n标志的情况下运行Snakemake,然后立即将其取消(^C),但这远非理想。

让空运行完成将在最后输出Job counts,但这对具有成百上千个工作机会的管道不可行。

所需的输出:

$ snakemake -n --someflag
Job counts:
        count   jobs
        504     BMO
        1       all
        504     fit_nbinoms
        517     motifs_in_peaks
        503     motifs_outside_peaks
        2029
$

1 个答案:

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Flag -q执行此操作。

--quiet, -q    Do not output any progress or rule information.