Dry run是工作流语言的一项非常重要的功能。我正在看的主要是运行命令时将执行的操作,这正是人们在运行make -n
时所看到的。
然而类比功能snakemake -n
会打印类似
Building DAG of jobs...
rule produce_output:
output: my_output
jobid: 0
wildcards: var=something
Job counts:
count jobs
1 produce_output
1
日志包含除执行命令之外的所有内容。有没有办法从snakemake获取命令?
答案 0 :(得分:1)
snakemake -p --quiet -n
-p
用于打印shell命令
-n
干运行
--quiet
删除其余部分
2019年1月编辑
对于持续版本的snakemake来说,这个解决方案似乎已经破解
答案 1 :(得分:0)
snakemake -p -n
避免使用@ eric-c答案中报告的--quiet
,至少在某些情况下,-p -n -q
上的组合不会打印出没有-n
的命令。