在snakemake干运行中是否可以打印命令而不是规则?

时间:2017-11-21 14:20:50

标签: snakemake

Dry run是工作流语言的一项非常重要的功能。我正在看的主要是运行命令时将执行的操作,这正是人们在运行make -n时所看到的。

然而类比功能snakemake -n会打印类似

的内容
Building DAG of jobs...

rule produce_output:
    output: my_output
    jobid: 0
    wildcards: var=something

Job counts:
    count   jobs
    1   produce_output
    1

日志包含除执行命令之外的所有内容。有没有办法从snakemake获取命令?

2 个答案:

答案 0 :(得分:1)

snakemake -p --quiet -n

-p用于打印shell命令
-n干运行 --quiet删除其余部分

2019年1月编辑

对于持续版本的snakemake来说,这个解决方案似乎已经破解

答案 1 :(得分:0)

snakemake -p -n

避免使用@ eric-c答案中报告的--quiet,至少在某些情况下,-p -n -q上的组合不会打印出没有-n的命令。