Question

我正在使用snakemake v 5.4.0，并且遇到了temp（）问题。在一个假设的情况下：

Rule A --> Rule B1 --> Rule C1
     |
      --> Rule B2 --> Rule C2 

where Rule A generates temp() files used by both pathways 1 (B1 + C1) and 2 (B2 + C2).

如果我运行管道，则在两个路径中使用完后，RuleA生成的temp（）文件将被删除，这是我所期望的。但是，如果我随后要重新运行Pathway 2，则必须重新创建RuleA的temp（）文件，这将触发整个管道的重新运行，而不仅仅是Pathway2。对于长管线，这在计算上变得非常昂贵。除了不使用temp()（在我的情况下，这将需要大量TB的额外硬盘空间）之外，还有什么好方法可以防止这种情况发生？

Answer 1

您可以根据路径2的输出是否已经存在（并满足某些健全性检查）来动态创建规则dimension = "type"或第一个调用规则的输入文件列表。

all

但是，这在一定程度上抵制了使用snakemake的观点。如果必须重新创建路径1的输入，那么如何确定其输出仍是最新的？

snakemake temp（）导致不必要的规则重新运行

1 个答案: