Question

我之前已经问过这方面的变种（例如https://groups.google.com/forum/#!topic/snakemake/4kslVBX2kew），但我没有看到明确的解决方案。

如果我运行一个长期运行且复杂的Snakemake管道，请注意＆＃39; - notemp＆＃39; （也许是因为我正在调试），能够随后进行清理工作真的很棒。命令删除在没有--notemp的情况下在第一次运行时自动删除的任何内容。有没有简单的方法呢？

我现在这样做的方法是在使用＆＃39; - forceall --touch＆＃39;之后重新运行，没有＆＃39; - notemp＆＃39;，这样一切只是被触摸，然后临时文件被删除。但改变所有时间戳并不理想。还有更好的方法吗？

乔恩

Answer 1

自v5.0.0起，--delete-temp-output实现了这一目标。

--delete-temp-output


Remove all temporary files generated by the workflow. Use together with –dry-run to list files without actually deleting anything. Note that this will not recurse into subworkflows.

Default: False

Snakemake：返回并清理temp（）文件

1 个答案: