snakemake：使用不同的文件夹输入和输出文件

Question

这很可能是一个非常基本的问题，但是我找不到任何地方记录它。

rule all:
    input:
        "fasta_file.fna"
    output:
        "headers.txt"
    shell:
        "grep "^>" {input} > {output}"

我想对不一定位于同一文件夹中的一组文件运行此命令。有没有办法将另一个目录中的输入文件名作为命令（或配置文件）提供？

Answer 1

好吧，没关系，这确实不是一个明智的问题。

rule all:
    input:
        "input/{sample}.fna"
    output:
        "output/{sample}_headers.txt"
    shell:
        "grep "^>" {input} > {output}"

有了它，我可以为目标文件（例如snakemake output/A1_headers.txt）运行snakemake，或者在我的输入序列上构建一个for循环。