某些规则忽略/不使用群集

时间:2017-10-27 13:03:09

标签: snakemake

如果我使用--cluster和--cluster-config,有没有办法可以指定某些规则在主要的snakemake作业中运行而不是作为自己的工作提交给集群?我有一些非常简单的规则,并且不会从集群执行中获益。事实上,他们甚至不会为'__default__'cluster-config提供所需的通配符。

编辑:我想问一下,如果使用集群,调用python代码并运行'run'也会在集群上执行? (我想我可以测试一下,但我想我也可以解决这个问题)

1 个答案:

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' localrules'正是我在寻找的。我在文档中完全错过了它。

https://snakemake.readthedocs.io/en/stable/snakefiles/rules.html#local-rules

谢谢!