我有一个在本地HPC上运行的snakemake工作流程。我还想在AWS上使用此工作流程，使用boto根据需要将文件推送到S3或从S3推送文件。当与--no-shared-fs一起使用时，这可以避免IO问题。我认为最好的方法就是使用--default-remote-provider S3＆amp; --default-remote-prefix指定存储桶名称。但是，当调用此选项时，它会附加S3.remote＆amp;所有输入的桶前缀。这包括可执行程序，如：bwa，samtools，bedtools等。当boto尝试使用boto下载这些程序时，它不会保留可执行权限。
有没有一种很好的方法来指定＆＃34; local＆＃34;输入vs S3输入而不必修改规则？这样，如果我需要更改/改进它，我只能保留1个版本的工作流程。
感谢您的帮助！
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您可以使用本地（...）包含本地文件，类似于标记临时文件的方式。这样，它们将被排除在默认远程应用程序之外。
请注意，工具通常不应该是输入或输出文件。考虑使用snakemake conda集成和bioconda进行软件部署和规范： http://snakemake.readthedocs.io/en/stable/snakefiles/deployment.html#integrated-package-management