在CWL中使用R脚本输入

Question

我正在为一个简单的R脚本（在docker容器中运行）创建CWL管道，该脚本通过read.csv读取csv文件，然后对其进行分析。我可以通过使用脚本中的commandArgs(trailingOnly=TRUE)将文件传递给R脚本来读入文件。但是，还有其他方法可以使用CWL将文件（即csv文件）读入R脚本吗？我觉得commandArgs(trailingOnly=TRUE)可能不是最好的选择。

我的.cwl如下：

#!/usr/bin/env cwl-runner
cwlVersion: v1.0
class: CommandLineTool
requirements:
  ResourceRequirement:
    ramMin: 2096

hints:
 DockerRequirement:
  dockerPull: docker/image

inputs:

 script:
   type: File
   inputBinding:
      position: 1

 annotation:
   type: File
   inputBinding:
      position: 2

baseCommand: [ Rscript ]

outputs:
 getFile:
  type: File
  outputBinding:
   glob: getFile.RData

我的.yml如下：

script:
  class: File
  path: script_final.R

annotation:
  class: File
  path: annotation_full.csv