Snakemake:如果输出文件存在,如何忽略输入

时间:2018-06-15 23:24:13

标签: snakemake

在我使用Snakemake时,我的许多中间管道阶段产生的本质上只是临时文件。我希望能够删除它们 - 如果我吹掉.snakemake文件夹,就不会强制重新计算所有内容。

我想表达一个规则,如果输出文件存在,那么snakemake应该认为该文件没有输入并且应该修剪依赖图生成。这与使用ancient()标记输入略有不同。

#pseudocode of what I essentially need.
rule foo:
     input: lambda wildcards: [] if foo_output_exists(outputs) else foo_all_inputs()

这是这样做的吗? (我转而使用snakemake v5.1.4)

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