Snakemake表格配置

Question

我正在使用带有表格配置的Snakemake。该表是一排行，我首先从一个非常大的示例概览中取出。生成的sample.tsv有很多列。我在Snakefile中的某处读取了这样的示例文件：

samples = pd.read_table('samples.tsv').set_index('samples', drop=False)

当我运行snakemake时：

snakemake --cluster-config cluster.json --cluster "qsub -l nodes={cluster.nodes}:ppn={cluster.ppn}" --jobs 256

我收到以下错误：

16:51 nlv24077@kiato ~/temp/test_snakemake > run_snakemake.sh Building DAG of jobs... MissingInputException in line 6 of /home/nlv24077/temp/test_snakemake/rseqc.smk: Missing input files for rule bam_stat: analyzed/I7_index.STAR.genome.sorted.bam

奇怪的是I7_index是我的样本表中的列名之一。为什么使用列名称作为样本名称？

以下，我可以向您展示部分样本表（我不能公开显示所有数据）：

编辑：

我这样叫样品：

rule bcl2fastq:
    input:
        config['bcl_dir']
    output:
        expand([os.path.join(fastq_dir, '{sample}_R1_001.fastq.gz'),
                os.path.join(fastq_dir, '{sample}_R2_001.fastq.gz')],
                sample=samples)
    threads: 6
    shell:
        '''
        # Run bcl2fastq
        ...

我应该使用的地方：

rule bcl2fastq:
    input:
        config['bcl_dir']
    output:
        expand([os.path.join(fastq_dir, '{sample}_R1_001.fastq.gz'),
                os.path.join(fastq_dir, '{sample}_R2_001.fastq.gz')],
                sample=samples['samples'])
    threads: 6
    shell:
        '''
        # Run bcl2fastq
        ...

感谢JeeYem。