Question

我想使用NCBI BLAST +对参考基因组进行BLASTn处理，并仅从BLAST +输出中输出带有登录号，E值和其他信息的行（因为BLAST +输出中包含几条无关的行））到csv。我有这些文件：

带有人类基因序列登录号的文本文件，每行一个： GSEA-toBLASTaccession.txt

参考基因组： botznik-chr.fa

输出csv： GSEABLAST.csv

这是我为执行此操作而编写的代码：

for acc in `cat GSEA-toBLASTaccession.txt`; do
    echo $acc | blastn -db botznik-chr.fa -out GSEABLAST.out -num_alignments 1 \
    -outfmt "6 qacc evalue qstart qend sstart send bitscore score length pident \
    nident ppos positive mismatch gapopen" >> GSEABLAST.csv
done

我没有从中获得所需的结果；我需要进行哪些调整以获取具有登录号，E值，查询开始/结束，序列开始/结束，位比分，得分，长度，同一性％/数字，正％/数字，不匹配和间隔/的CSV文件在我的登录号列表中打开每个基因的BLAST吗？

Answer 1

您没有描述所获得的输出，因此需要进行一些猜测才能找出问题所在。我怀疑您期望所有序列的输出都在int[] nums = new int[200]; // index will be 0 to 199中，但是相反，您只是从GSEABLAST.csv中的最后一个序列中获取输出

如果这是问题所在，那是因为GSEABLAST.out导致输出发送到指定的文件而不是STDOUT。 -out GSEABLAST.out循环的每次迭代都会覆盖此文件。如果删除命令的那部分，输出将进入STDOUT，然后将其附加到for

使用列表中的登录号运行BLAST + BLASTn

1 个答案: