Question

所以我正在写一个脚本来运行一个blast查询，我在这一点上硬编码变量（只是为了确保它们不会搞砸）。这是：

blastCLine = NcbiblastnCommandline(query="temp.fasta", db="refseq_rna", outfmt=5, out="test.txt", evalue=0.05)
stdt, stdr = blastCLine()
print stdt
print stdr

我什么都没得到，输出文件是空白的，没有错误或任何东西。如果我在命令行上使用来自blastCLine的blast命令，它可以工作。如果我在python环境中使用上面的代码，它的工作原理。只是不在我的剧本中工作。

我一直在谷歌上搜索大量的例子。从我可以告诉它应该工作。我已经尝试将其更改为blastx，并使用cmd =＆＃34; blastn＆＃34;无济于事。有什么建议吗？

Answer 1

在这一行中，您将生成带参数的BLAST命令。如果您打印blastCLine，您将看到BLAST命令：

>>> blastCLine = NcbiblastnCommandline(query="temp.fasta", db="refseq_rna", outfmt=5, out="test.txt", evalue=0.05)
>>> print blastCLine
blastn -out test.txt -outfmt 5 -query /home/mamun/temp.fasta -db refseq_rna -evalue 0.05

现在，使用stdt, stdr = blastCLine()，您正在从python执行命令。这里发生了什么，你得到一个新的输出，覆盖test.txt文件中的现有东西。您可以通过删除现有的test.txt文件来检查这一点，并再次从python shell运行上述两个命令。当命令成功运行并且它不生成任何输出或错误时，stdout和stderr在命令成功运行后获取空字符串。希望，这个解释有助于理解这里发生的事情。如果它甚至不起作用，请尝试使用os.system执行它：

>>> import os
>>> os.system(str(blastCLine))

Biopython blastn命令不能在脚本中工作，但可以从命令行工作

1 个答案: