你能用blastn检查完全匹配吗？

Question

我需要知道查询匹配的主题和位置，并且此匹配必须为100％。有没有办法使用blastall？

感谢。

Answer 1

您不能将映射精度限制为100％，但可以使用-evalue参数增加E值的严格性，即使用非常小的E值。除此之外，要返回主题ID或登录号以及映射坐标，您可以使用自定义输出格式，例如：

-outfmt "6 qacc sacc sseqid evalue qstart qend sstart send"

这将以表格格式返回输出，其中包含8列，其中：qacc是查询加入，sacc是主题加入，sseqid是主题seq-id，{{1 }}是对齐的E值，evalue和qstart是对齐的查询开始和结束映射坐标，qend和sstart主题的开始和结束映射对齐的坐标。将所有内容放在一起以示例send调用：

blastn

blastn -query /path/to/myquery.fasta -db /path/to/db -evalue 0.001 -out /path/to/myoutput.tsv -outfmt "6 qacc sacc sseqid evalue qstart qend sstart send" 将为您提供有关自定义输出格式的更多选项。