Question

中

有没有办法以编程方式获取“选择搜索集”框中列出的数据库？也许是XML格式？（使用的编程语言无关紧要）

Answer 1

我认为你不能把这些信息扔给NCBI网络服务。

使用 XSLT ：

<?xml version='1.0'  encoding="ISO-8859-1" ?>
<xsl:stylesheet
    xmlns:xsl='http://www.w3.org/1999/XSL/Transform'
    version='1.0'
    >

<xsl:output method="text"/>
<xsl:template match="/">
<xsl:apply-templates select="//select[@id='DATABASE']"/>
</xsl:template>


<xsl:template match="select[@id='DATABASE']">
<xsl:for-each select=".//option">
<xsl:value-of select="@value"/>
<xsl:text>  </xsl:text>
<xsl:value-of select="."/>
<xsl:text>
</xsl:text>
</xsl:for-each>
</xsl:template>

</xsl:stylesheet>

和xsltproc：

xsltproc --html stylesheet.xsl "http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?PROGRAM=blastn&BLAST_PROGRAMS=megaBlast&PAGE_TYPE=BlastSearch&SHOW_DEFAULTS=on&LINK_LOC=blasthome" 2> /dev/null

返回;

dbindex/9606/ref_contig dbindex/9606/alt_contig_HuRef dbindex/9606/rna  Human genomic plus transcript (Human G+T)
dbindex/10090/alt_contig dbindex/10090/ref_contig dbindex/10090/rna     Mouse genomic plus transcript (Mouse G+T)
nr      Nucleotide collection (nr/nt)
refseq_rna      Reference mRNA sequences (refseq_rna)
refseq_genomic  Reference genomic sequences (refseq_genomic)
chromosome      NCBI Genomes (chromosome)
est     Expressed sequence tags (est)
est_others      Non-human, non-mouse ESTs (est_others)
gss     Genomic survey sequences (gss)
htgs    High throughput genomic sequences (HTGS)
pat     Patent sequences(pat)
pdb     Protein Data Bank (pdb)
alu     Human ALU repeat elements (alu_repeats)
dbsts   Sequence tagged sites (dbsts)
wgs     Whole-genome shotgun reads (wgs)
env_nt  Environmental samples (env_nt)

Answer 2

我并不完全是您打算使用它的，但NCBI使用的完整数据库集在他们的FTP站点：ftp://ftp.ncbi.nih.gov/blast/db/ 如果您只对数据库名称感兴趣，请查看第一个之前的位。 - 大多数数据库都足够大，可以进行分段。为了进行大量的过滤（例如，通过有机体），他们使用别名文件，这些文件通过GI编号限制这些较大数据库中的一个或多个。

Answer 3

需要一些FTP API来以编程方式获取这些库。但是，即使压缩，这些文件也相当大。您可能至少应该检查下载站点上的可用版本是否与您已下载的缓存版本不同。 Java FTP库在http://www.javaworld.com/javaworld/jw-04-2003/jw-0404-ftp.html进行了审核。

Answer 4

我的问题不清楚。但是，这是一个使用BioPerl的程序，它将从任何数据库（在'db'下指定）和任何搜索项（在'term'下指定）获取信息。然后，这将保存一个文件，其中包含与给定数据库中的搜索词相关的所有NCBI序列。

########## http://www.bioperl.org/wiki/HOWTO:EUtilities_Cookbook #########

#!/usr/bin/perl -w

BEGIN {push @INC,"path to BioPerl";}
use Bio::DB::EUtilities;
my $factory = Bio::DB::EUtilities->new(-eutil      => 'esearch',
                                       -email      => 'mymail@foo.bar',
                                       -db         => 'nucleotide',
                                       -term       => 'search terms here',
                                       -usehistory => 'y');

my $count = $factory->get_count;
# get history from queue
my $hist  = $factory->next_History || die 'No history data returned';
print "History returned\n";
# note db carries over from above
$factory->set_parameters(-eutil   => 'efetch',
                         -rettype => 'fasta',
                         -history => $hist);

my $retry = 0;
my ($retmax, $retstart) = (500,0);

open (my $out, '>', 'db:protein_term-VP1_AND_Parvovirus-NOT_dependovirus,patent,partial.fa') || die "Can't open file:$!";

RETRIEVE_SEQS:
while ($retstart < $count) {
    $factory->set_parameters(-retmax   => $retmax,
                             -retstart => $retstart);
    eval{
        $factory->get_Response(-cb => sub {my ($data) = @_; print $out $data} );
    };
    if ($@) {
        die "Server error: $@.  Try again later" if $retry == 5;
        print STDERR "Server error, redo #$retry\n";
        $retry++ && redo RETRIEVE_SEQS;
    }
    #say "Retrieved $retstart";
    $retstart += $retmax;
}

close $out;

以编程方式获取blastn数据库

4 个答案: