Question

我想编写一个程序，打开BLASTN输出文件解析出特定信息，并生成将写入STDOUT的格式化输出。程序必须打开输入文件解析并存储查询序列ID。

Query ID: IREALLYLIKEPYTHON Query Length: 15

仅对前十次点击，仅解析加入（位于第一组管道符号之间，| |），长度和分数。对于这些命中中的每一个，这三个字段应该写入STDOUT。

Alignment #1: Accession = ref|XM_005094338.1| (Length = 2377, Score = 1098)

这是我的尝试，我不知道我做错了什么。当我尝试在shell中使用以下提示运行程序时： $ python script.py blast.file 但什么都没有打印出来。

这是我的代码：

import argparse
import os
def main():
    parser = argparse.ArgumentParser()
    parser.add_argument('-i', '--input_file', type=str, required=True)
    parser.add_argument('-o', '--output_file', type=str, required=True)
    args = parser.parse_args()
    Query_ID = None
    Query_length = None
    output_file = open(args.blastp_file, "w")
    output_file.write("The file will have parsed information based on   your query.")
    for line in open(args.input_file, 'r'):
        column = line.split("\t")
        Query_Id = column[0];
        m = re.search("Score =(\d+)", line)
    blastn_file = input_file.read()
    fout = sys.stdout
    output_file.close()
    if__name__ == '__main__':
    main()

    for score

无法运行BLASTN解析程序

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