如何仅针对TrEMBL进行BLAST

时间:2017-12-06 11:13:44

标签: bioinformatics biopython blast ncbi protein-database

我正在使用BioPython进行命令行BLAST。我需要搜索TrEMBL,但我无法找到如何做到这一点。我知道我可以选择db =" nr",这有效,但我想只针对TrEMBL进行搜索,TrEMBL构成nr序列的子集。此外,我需要能够在线进行,而不是远程进行!

编辑:如果有人遇到同样的问题:经过多次实验,我设法完成这项工作的唯一方法是下载NCBI BLAST +并在独立的准备库上进行远程搜索。如果有疑问,请与我联系。

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